تمام خودروهایی که در مراحل اول و بعدی سامانه جامع یکپارچه واگذار شده‌اند، مشمول مالیات بر عایدی سرمایه خواهند بود.

با توجه به ماده 19 آیین‌نامه اجرایی ماده 14 الحاقی قانون مبارزه با پولشویی، اطلاعات معاملات خودرو به صورت یکپارچه در سامانه معاملات خودرو، که زیر مجموعه سامانه جامع تجارت وزارت صنعت، معدن و تجارت است، ثبت می‌شود و مشمول مالیات بر عایدی سرمایه خواهد بود.

این مالیات در زمان تحویل خودروها اخذ نخواهد شد و بسته به مدت زمان نگهداری خودرو از خریداران اخذ خواهد شد. براساس این قانون در صورت نگهداری خودرو کمتر از یک سال، در صورت فروش خودرو مالک ملزم به پرداخت 30 درصد مالیات روی اضافه بها نسبت به قیمت پایه خودرو خواهد بود. همچنین این میزان برای نگهداری خودرو کمتر از دو سال 20 درصد و کمتر از سه سال 10 درصد خواهد بود و در صورت نگهداری خودرو بیش از سه سال، معامله خودرو معاف از مالیات بر عایدی سرمایه خواهد بود.

برای مثال اگر یک مشتری از طریق سامانه جامع، دنا پلاس توربو اتوماتیک با قیمت 457 میلیون تومان تحویل بگیرد و طی مدت زمان کمتر از یک سال تصمیم به فروش این خودرو با قیمت حدود یک میلیارد تومان بگیرد ملزم به پرداخت مالیات بر عایدی سرمایه به میزان 30درصد روی مابه التفاوت 543 میلیون تومانی یعنی حدود 163 میلیون تومان خواهد شد.

به نظر می رسد این تصمیم در راستای جلوگیری از سوداگری و ایجاد تشویش در بازار و قیمت های خودرو اخذ شده و در صورت اجرا موجب کاهش محسوس معاملات در مدت زمان کمتر از سه سال مالکیت خودروها خواهد شد. البته با توجه به تازه بودن این قانون هنوز ساز و کار اجرایی و قطعیت در اجرای آن مشخص نیست و این احتمال وجود دارد که نفس وجود چنین قانونی موجب افزایش قیمت خودروها در بازار جهت جبران زیان دلالان شود و معکوس عمل کند.